Po kongresie wiedeńskim w 1815 roku Zamość znalazł się w rękach rosyjskich w granicach Królestwa Polskiego. Władze rosyjskie nadawały miastu duże znaczenie strategiczne. Położony nad granicą austriacką, stanowiłby doskonałą bazę obronną i wypadową w czasie ewentualnych działań wojennych. Mógł też być punktem oporu na wypadek powstania. Stanowił też idealne więzienie dla licznych skazańców.
Wydarzenia z lat 1809-1813 dowiodły, że twierdza może odegrać istotną rolę w planach wojennych Rosji, dlatego też kontynuowano prace modernizacyjne wg planów pułkownika J. Ch. Malleta ( od 1815 roku generała ze zmienionym nazwiskiem Mallet-Malletski). Dla podniesienia zdrowotności miasta zrezygnowano ze stojącej wody; spuszczono staw i osuszono błota. Przekopano koryto rzeki Topornicy, kierując ją do Łabuńki powyżej twierdzy. Wprowadzono nowy system nawadniania, budując przepusty, śluzy zapory, które w krótkim czasie pozwalały napełnić fosę wodą. Wzniesiono nowe bramy: lubelską i lwowską. Utworzono wokół twierdzy przedpola, wyburzając przedmieścia i przenosząc je do nowo powstałych osad: Nowej Osady przy trakcie lwowskim i Przedmieścia Lubelskiego przy trakcie lubelskim, zaś wieś Janowice przeniesiono na lewy brzeg Łabuńki.
Poszerzono fortyfikacje ziemne z kazamatami, wybudowano potężne nadszańce. Kojce zostały wysunięte poza mury obronne. Umieszczono je w fosie (wodę przepuszczano pod kojcami). Wzniesiono okazałą, murowaną, okrągłą budowlę z przeinaczeniem na działobitnię, tzw. Rotundę.
Rotundę wybudowano w latach 1825-1831 wg projektu J. Ch. Malleta – Malletskiego. Miała za zadanie umacniać obronność miasta od strony południowej. Wysunięta 500 metrów od fosy, została wzniesiona na stałej kępie wśród błotnistych łąk. Zbudowana na planie koła o średnicy 54 metrów, otwarta od strony północnej ku twierdzy, uzyskała z nią połączenie dzięki przejściu obronnemu. Było ono przegrodzone w trzech miejscach trawersami o przekroju wałowym, ustawionymi na zębatych poszerzeniach przejścia.

Budowla ta posiadała wewnętrzny dziedziniec o średnicy 38, 5 metra. Składała się z 20 jednakowych, koncentrycznie ustawionych cel, przesklepionych kolebkowo.
Rotunda przetrwała do czasów obecnych w nie zmienionym kształcie.
W 1866 roku car Rosji zadecydował o likwidacji twierdzy jako przestarzałej i nieprzydatnej. Rosjanie zamurowali wtedy wnęki od strony dziedzińca i zaczęli wykorzystywać budowlę na skład amunicji. Odtąd działobitnia stała się prochownią.

W dwudziestoleciu międzywojennym stacjonujące w Zamościu pułki posiadały tutaj składy prochu i amunicji.

Niemal równocześnie z rozpoczęciem budowy miasta, w 1581 roku Jan Zamoyski fundował na przedmieściu przy drodze do Lwowa drewniany kościół p. w. św. Krzyża, przy którym w 1584 roku została erygowana parafia. W latach 1587-1598 została wzniesiona kolegiata (o niej szczegółowo tutaj >>>), w 1600 roku przeniesiono do niej parafię, ogłaszając też wtedy akt fundacyjny kolegiaty oraz Akademii Zamojskiej.

W stosunkowo niewielkim mieście w XVII wieku powstaje wyjątkowo dużo kościołów. W datach 1637-1655 zostaje wzniesiony największy i najwspanialszy kościół Franciszkanów, w 1817 roku zamieniony na magazyn wojskowy, mieszczący do niedawna (do 1993 roku) kino i liceum sztuk plastycznych a obecnie ponownie kościół. W 1657 roku powstaje drewniany kościół Bonifratrów, zastąpiony w 1756 roku kościołem murowanym, zlikwidowanym przez Austriaków w 1884 roku. W latach 1680-1686 wzniesiono kościół Reformatów, w 1806 roku zamieniony na magazyn, później na salę teatralną, po renowacji w latach 1925-1926 w dzisiejszym kształcie pełni funkcję kościoła szkolnego p. w. św. Katarzyny. W 1(0838) roku powstał kościół i klasztor Klarysek sprowadzonych do Zamościa przed 1676 rokiem; jako bernardyńska wspólnota tercjarska, a przy nim w latach 1769-1774 klasztor. Zespół ten w 1817 roku zamieniono na magazyny wojskowe, później służył on różnym instytucjom, po wyzwoleniu urządzono. w mim Państwowy Dom Dziecka.

W połowie XVII wieku wzniesiono na Lubelskim Przedmieściu drewniany kościół p.w. św. Katarzyny, rozebrany w 1793 roku, w jego miejsce w latach 1793-1795 zbudowano murowany kościół, rozebrany w 1810 roku. W 1716 roku na Przedmieściu Lwowskim powstała kaplica Loretańska, po niej w latach 1780-1782 kościół rozebrany w 1796 roku. W miejscu starego kościoła drewnianego p.w. św. Krzyża, który istniał jeszcze w 1780 roku, w latach 1938-1951 zbudowano nowy kościół murowany pod tym samym wezwaniem, będący obecnie kościołem parafialnym dla wschodniej części miasta Zamościa.

Zamość od chwili założenia był miastem wielonarodowościowym a więc i wielowyznaniowym. Stąd też niemal od początku powstawały tu świątynie innych wyznań. Już w 1585 roku Ormianie mieli swój drewniany kościół, zastąpiony murowanym z lat 1625-1633, sprzedanym w 1802 roku i wkrótce w 1817 roku rozebranym (na jego miejscu stoi obecnie Hotel Renesans).

Cerkiew grecką drewnianą wzniesiono w 1589 roku. Ponieważ stała w obrębie twierdzy w latach 1618-1631 w jej, miejsce wzniesiono cerkiew murowaną, istniejącą do dziś jako kościół Redemptorystów. W cerkwi tej odbył się w 1720 roku znany unicki synod zamojski.

Unici mieli nadto cerkiew na Przedmieściu Lwowskim, drewnianą, notowaną w 1591 roku, zamienioną na skład siana po zajęciu Zamościa przez Austriaków w końcu XVIII wieku. Istniała też cerkiew prawosławna na cmentarzu, drewniana, rozebrana w 1938 roku. W 1911 roku zbudowane prawosławną cerkiew garnizonową na terenie wzniesionych właśnie koszar carskich na Przedmieściu Lubelskim. W 1918 roku została ona zamieniona na kościół garnizonowy p.w. św. Michała, od 1979 roku kościół parafialny.

Dla uczczenia męczeńskiej śmierci wielu Polaków władze i społeczeństwo Zamościa umieściły w celach Rotundy tablice informacyjne i epitafia, dedykując je poszczególnym osobom lub grupom społecznym. Większość ofiar nie ma swoich grobów, dlatego też wzniesiono im mogiły symboliczne. Pracom przewodniczył społeczny Komitet Rotundy z Janem Ogórkiewiczem jako przewodniczącym. Zgromadzone środki pozwoliły uporządkować cele i cmentarz wokoło Rotundy. W kwietniu 1947 roku dokonano uroczystego poświęcenia i otwarcia Muzeum Martyrologii Zamojszczyzny.

W latach 1966-67 przeprowadzono gruntowne prace porządkowo-konserwatorskie na obszarze Rotundy i cmentarza.
W latach 90-tych w trzech celach do istniejącego wystroju dodano nowe emblematy i symbole.
Komitet Rotundy gromadził też zdjęcia, materiały archiwalne, muzealia. Eksponowano je w XVI-XX celi. Ze względu na kradzieże obecnie te materiały znajdują się w Muzeum Zamojskim. Eksponowane są natomiast kopie tych dokumentów.
Na dziedziniec Rotundy wchodzimy przez bramę, która była świadkiem rozgrywających się tam tragedii. Na drewnianych drzwiach napis w języku niemieckim: “Gefangenen-Durchgangslager Sicherheitspol” (Jeniecki Obóz Przejściowy Policji Bezpieczeństwa), poniżej mniejszymi literami: “Beschlangnahmt im Einvernhen mit der Ortskommandtr Zamosc” (Obiekt zajęty w porozumieniu z komendanturą w Zamościu).