Zamość został założony przez Jana Zamoyskiego w 1580 roku na gruntach wsi Skokówka, nabytej przez Mikołaja i Feliksa Zamoyskich w 1517 roku. W 1578 roku Jan Zamoyski zawarł kontrakt z włoskim architektem Bernardem Morandem na budowę pałacu w Skokówce w miejsce istniejącego tu niewielkiego zameczku oraz na wykonanie projektu nowego miasta ufortyfikowanego, nazwanego początkowo Nowym Zamościem.

W trakcie ostatnich badań archeologicznych i architektonicznych stwierdzono, że Skokówka nie leżała na południe od obecnego miasta jak dotychczas sądzono, lecz istniała na miejscu dzisiejszego pałacu Zamoyskich (jak podaje Jan Górak w opracowaniu pt.; Miasta i miasteczka Zamojszczyzny, Zamość 1990)

Budowę pałacu rozpoczęto w 1579 roku, w rok później wydał Jan Zamoyski akt lokacji miasta potwierdzony następnie przez króla Stefana Batorego i w tymże 1580 roku rozpoczęto szybko postępujące roboty budowlane. Po dziesięciu latach nowo założone miasto miało już 217 domów, a więc niemal tyle ile miał wówczas Hrubieszów lub Szczebrzeszyn, miasta istniejące już od dwóch wieków.

Ważnym czynnikiem rozwoju miasta były liczne przywileje nadawane przez Jana Zamoyskiego, zwłaszcza zezwalające na osiedlanie się w Zamościu Ormian, Żydów, Greków i Niemców oraz na prowadzenie przez nich handlu i rzemiosła.

W 1589 roku została założona Ordynacja Zamojska i Zamość stał się stolicą już wówczas olbrzymich włości, formalnie należących do kilku państwowych jednostek administracyjnych, faktycznie zależnych wyłącznie od ordynatów.

W 1594 roku otwarto Akademię Zamojską, trzecią w Polsce po Krakowie i Wilnie szkołę wyższą.

W 1600 roku kanclerz fundował kolegiatę, drugi co do godności kościół po katedrze w diecezji chełmskiej.

W krótkim więc czasie Zamość stał się centrum gospodarczym i kulturalnym znacznego obszaru kraju.
Jan Zamoyski zmarł w 1605 roku a rządy ordynacją objął jego syn Tomasz kontynuując dzieło ojca. Do połowy XVII wieku zakończyła się pierwsza faza budowy Zamościa. Miasto odwiedził król Władysław IV. Nastąpiła likwidacja arianizmu.
Druga połowa XVII wieku była dla Zamościa niepomyślna. Miasto przeżyło w 1648 roku oblężenie Chmielnickiego, wkrótce potem w 1656 roku Szwedów. Dwukrotnie Zamość został zdobyty przez Szwedów w 1704 i w 1716 roku. Kilkakrotnie miasto było niszczone wielkimi pożarami.
Po pierwszym rozbiorze w 1772 roku Zamość przypadł Austrii i został włączony do tzw.. Królestwa Galicji i Lodomerii. Austriacy zamknęli Akademię, rozwiązali kapitułę, skasowali klasztory.
W 1809 roku miasto została zdobyte .przez wojska księcia Józefa Poniatowskiego i włączone do Księstwa Warszawskiego. W 1813 roku po 10-miesięcznej obronie podczas oblężenia przez Rosjan załoga twierdzy zamojskiej wyczerpana chorobami i brakiem żywności musiała skapitulować jako jeden z ostatnich punktów oporu. O miesiąc dłużej bronił się tylko Modlin (o tych zdarzeniach szczegółowo pisze Jacek Feduszka w wydanej ostatnio pracy)

W 1816 roku rząd carski dokonał nowego podziału administracyjnego zagarniętych ziem polskich. Zamość znalazł się w województwie lubelskim jako miasto obwodowe i powiatowe z tym, że siedzibę władz umieszczono w Janowie Lubelskim. W 1820 roku na mocy umowy ze Stanisławem Kostką Zamoyskim władze carskie przejęły Zamość na własność rządową w zamian za kilka wsi i pałac w Warszawie. Odtąd też pałac w Zamościu przestał być rezydencją ordynatów zaś zarząd ordynacji został wtedy przeniesiony do Zwierzyńca. Rosjanie dokonali modernizacji i umocnienia twierdzy, wokół niej na odległość 1200 m. wyburzono zabudowę a władze miejskie przeniesiono na przedmieście nazwane Nową Osadą. Zamość z ożywionego miasta przekształcił się w silny garnizon rosyjski i ciężkie więzienie wojskowe. Tu też m.in. więziono współzałożyciela Towarzystwa Patriotycznego Waleriana Łukasińskiego.

Po wybuchu powstania listopadowego w 1830 roku wchodzący w skład załogi twierdzy zamojskiej polscy oficerowie i żołnierze przystąpili do powstania. Zamość pod komendą generała Jana Krysińskiego skapitulował jako ostatni w kraju punkt oporu powstańczego. W związku z rozwojem techniki wojskowej uznano twierdzę zamojską za przestarzałą, w 1866 roku wyburzono znaczną część fortyfikacji, mieszkańcom pozwolono wrócić do miasta.

W 1867 roku ponownie zreorganizowano władze administracyjne, Zamość został stolicą powiatu i takim pozostał aż do roku 1975. W nowej sytuacji nastąpił rozwój handlu, rzemiosła, przemysłu, szkolnictwa i stał się z czasem ośrodkiem o, znaczeniu ponadpowiatowym.

Jeszcze bardziej dynamicznie rozwijało się miasto po odzyskaniu niepodległości, po 1918 roku, zajmując po Lublinie drugie miejsce wśród miast Lubelszczyzny. Powstało tu szereg szkół, sąd okręgowy obejmujący również powiaty hrubieszowski, biłgorajski i tomaszowski, duży garnizon wojskowy z dowództwem 3 dywizji piechoty Legionów, 9 pułkiem piechoty leg., 3 pułkiem artylerii lekkiej leg. i szwadronem zapasowym 12 pułku ułanów podolskich.

Po klęsce wrześniowej Niemcy uczynili z Zamościa ośrodek ponadregionalny przeznaczając miasto na stolicę pierwszego obszaru osiedleńczego Niemców na podbitych terenach wschodnich, zwłaszcza dla zbrodniczych formacji SS. Z Zamościa też rozpoczęto znaną akcję wysiedleńczą ludności polskiej. Utworzono w mieście duży obóz dla wysiedleńców skąd wysyłano transporty więźniów do Oświęcimia i Rzeszy Niemieckiej, dokonywano mordów Polaków, szczególnie na Rotundzie. Miasto zostało wyzwolone 25 lipca 1944 roku.
Więcej o historii miasta w XX wieku.

Niemal równocześnie z rozpoczęciem budowy miasta, w 1581 roku Jan Zamoyski fundował na przedmieściu przy drodze do Lwowa drewniany kościół p. w. św. Krzyża, przy którym w 1584 roku została erygowana parafia. W latach 1587-1598 została wzniesiona kolegiata (o niej szczegółowo tutaj >>>), w 1600 roku przeniesiono do niej parafię, ogłaszając też wtedy akt fundacyjny kolegiaty oraz Akademii Zamojskiej.

W stosunkowo niewielkim mieście w XVII wieku powstaje wyjątkowo dużo kościołów. W datach 1637-1655 zostaje wzniesiony największy i najwspanialszy kościół Franciszkanów, w 1817 roku zamieniony na magazyn wojskowy, mieszczący do niedawna (do 1993 roku) kino i liceum sztuk plastycznych a obecnie ponownie kościół. W 1657 roku powstaje drewniany kościół Bonifratrów, zastąpiony w 1756 roku kościołem murowanym, zlikwidowanym przez Austriaków w 1884 roku. W latach 1680-1686 wzniesiono kościół Reformatów, w 1806 roku zamieniony na magazyn, później na salę teatralną, po renowacji w latach 1925-1926 w dzisiejszym kształcie pełni funkcję kościoła szkolnego p. w. św. Katarzyny. W 1(0838) roku powstał kościół i klasztor Klarysek sprowadzonych do Zamościa przed 1676 rokiem; jako bernardyńska wspólnota tercjarska, a przy nim w latach 1769-1774 klasztor. Zespół ten w 1817 roku zamieniono na magazyny wojskowe, później służył on różnym instytucjom, po wyzwoleniu urządzono. w mim Państwowy Dom Dziecka.

W połowie XVII wieku wzniesiono na Lubelskim Przedmieściu drewniany kościół p.w. św. Katarzyny, rozebrany w 1793 roku, w jego miejsce w latach 1793-1795 zbudowano murowany kościół, rozebrany w 1810 roku. W 1716 roku na Przedmieściu Lwowskim powstała kaplica Loretańska, po niej w latach 1780-1782 kościół rozebrany w 1796 roku. W miejscu starego kościoła drewnianego p.w. św. Krzyża, który istniał jeszcze w 1780 roku, w latach 1938-1951 zbudowano nowy kościół murowany pod tym samym wezwaniem, będący obecnie kościołem parafialnym dla wschodniej części miasta Zamościa.

Zamość od chwili założenia był miastem wielonarodowościowym a więc i wielowyznaniowym. Stąd też niemal od początku powstawały tu świątynie innych wyznań. Już w 1585 roku Ormianie mieli swój drewniany kościół, zastąpiony murowanym z lat 1625-1633, sprzedanym w 1802 roku i wkrótce w 1817 roku rozebranym (na jego miejscu stoi obecnie Hotel Renesans).

Cerkiew grecką drewnianą wzniesiono w 1589 roku. Ponieważ stała w obrębie twierdzy w latach 1618-1631 w jej, miejsce wzniesiono cerkiew murowaną, istniejącą do dziś jako kościół Redemptorystów. W cerkwi tej odbył się w 1720 roku znany unicki synod zamojski.

Unici mieli nadto cerkiew na Przedmieściu Lwowskim, drewnianą, notowaną w 1591 roku, zamienioną na skład siana po zajęciu Zamościa przez Austriaków w końcu XVIII wieku. Istniała też cerkiew prawosławna na cmentarzu, drewniana, rozebrana w 1938 roku. W 1911 roku zbudowane prawosławną cerkiew garnizonową na terenie wzniesionych właśnie koszar carskich na Przedmieściu Lubelskim. W 1918 roku została ona zamieniona na kościół garnizonowy p.w. św. Michała, od 1979 roku kościół parafialny.

Zamość został założony ,;na surowym korzeniu" i zbudowany według powstałego z inspiracji Jana Zamoyskiego szczegółowego planu opracowanego przez architekta z Padwy Bernarda Morando.

Plan miasta-twierdzy wzorowany na włoskich teoretycznych pracach P. Cataneo, G. Vasariego i V. Scamozziego został dostosowany do miejscowych warunków terenowych, które zadecydowały o nadaniu założeniu urbanistycznemu kształtu wieloboku nieumiarowego zwłaszcza, że w obręb obwarowań został włączony również pałac z przyległościami stanowiący jakby odrębne założenie urbanistyczne. Powstał układ ściśle sprężony: rezydencja-miasto.
Miasto ulokowano w nieregularnym pięcioboku, którego cztery rożnej długości ściany były ufortyfikowane, bok piąty zachodni był otwarty na prostokątny duży, również otoczony fortyfikacjami plac rezydencji.
Układ przestrzenny miasta został oparty na dwóch osiach. Główna oś wschód - zachód biegła od centrum pałacu do bastionu wschodniego i przecinała się z osią poprzeczną północ - południe wychodzącą na odpowiadające jej ściany fortyfikacji. Na przecięciu się tych osi założono Rynek Wielki o wymiarach 100 x 100 m zabudowany piętrowymi kamienicami z podcieniami. W północnej pierzei usytuowany został ratusz z wysoką wieżą stanowiącą znakomity akcent widokowy w przestrzeni rynku. Rynek Wielki nie miał charakteru handlowego, pomyślany został jako reprezentacyjny plac miejski.
Wzdłuż osi poprzecznej założono od północy Rynek Solny o charakterze handlowym, od południa Rynek Wodny jako swego rodzaju dzielnicę mieszkalną dla ważniejszych osobistości związanych z dworem Zamoyskich. Obydwa te rynki były czterokrotnie mniejsze od Rynku Wielkiego i miały wymiary 50x50 m. Szachownicowy układ bloków rynkowych jest tym charakterystyczny, że wszystkie ulice wzdłużne biegną w kierunku wschód - zachód, są więc skierowane na ośrodek rezydencjonalny.
Obszerny plac przed pałacem oddzielony od Rynku Wielkiego jednym rzędem bloków, od południowego-wschodu zamyka kolegiata, a jakby jej odbiciem od północnego wschodu jest potężny gmach Akademii. Świątynie innych wyznań, jak również kościół i klasztor Franciszkanów były lokowane we wschodniej części miasta.
Mimo niezwykle burzliwych dziejów miasta pierwotny układ przestrzenny i znaczna część zabudowy śródmieścia zostały zachowane stawiając Zamość wśród najlepszych czołowych przykładów urbanistyki europejskiej XVI wieku. Takim Zamość pozostał do dziś w ramach dawnych fortyfikacji bowiem w różnych okolicznościach i z różnych przyczyn miasto rozwijało się przestrzennie poza dawnym niewielkim ośrodkiem, do dzisiejszych rozmiarów. Nowy rozwój przestrzenny miasta zapoczątkowała Nowa Osada. Na początku bieżącego stulecia ad strony północnej powstał kompleks koszar a wkrótce potem niefortunnie ulokowana tuż pod miastem linia kolejowa.